两种计算规则的区别是对定额工程量计算规则中不适用于清单工程量计算以及不能满足工程量清单项目设置要求的部分进行了修改和调整；主要表现在三个方面：
第一，计量单位的变动
工程量清单项目的计量单位与全统基础定额相应定额子项的计量单位基本一致，只对其中少数项目进行了调整以求更能切合实际。
第二、计算口径及综合内容的变动
工程量清单是以实体为主，做到可算并计算的结果唯一，这样在清单规范中出现的与基础定额不同的是“按图示尺寸进行计算”，清单不考虑施工工艺、施工方法所包含的工程量。把基础定额中的如按实际施工、实辅面积或按展开面积计算的规则在清单中认为是不可算规则。这主要是把按施工工艺量由施工完后才能确定的量一律包括在报价内，招标人不提供此量。
第三、计算的主体改变
工程量清单工程量由招标人计算，是以招标文件的形式提供给投标人，不属于投标人的竞争部分，由于工程量的错误及变更引起的工程量变更风险由招标人承担。而在定额模式下工程量是由投标人计算的并承担风险。
第四、计算方法的改变
主要表现在清单项目工程量均以工程实体的净值为准，这不同于以往定额工程量计算规则要求对工程量的计算是按净值加规定预留及裕量。
“工程量清单计价规范”在编制过程中，以现行的全国统一工程预算定额为基础，特别是项目划分、计量单位、工程量计算规则等方面，尽可能多的与定额衔接。原因主要是预算定额是我国经过几十年实践的总结，这些内容具有一定的科学性和实用性；与工程预算定额有所区别的主要原因：是预算定额是按照计划经济的要求制订发布贯彻执行的，其中有许多不适应“计价规范”编制指导思想的，主要表现在：（1）定额项目是国家规定以工序为划分项目的原则，（2）施工工艺、施工方法是根据大多数企业的施工方法综合取定的，（3）工、料、机消耗量是根据“社会平均”综合测定的，（4）取费标准是根据不同地区平均测算的。因此企业用定额模式报价时就表现的是平均主义，企业不能结合项目具体情况、自身技术管理水平自主报价，不能充分调动企业加强管理的积极性。清单组价就是要体现企业的个别成本，用的是反映企业实际施工工艺水平的企业定额所有的政府定额只能做为参考。清单组价表现的企业的实际成本。
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