费用预算有两种基本方法：自上而下方法和自下而上方法 。采用哪一种方法，主要与项目组织的决策系统有关。
（1）自上而下的项目预算
这种方法主要依赖于中上层项目管理人员的经验和直觉（判断）。这些经验和判断可能来自于历史数据或相关项目的现实数据。首先，由项目的上层和中层管理人员对项目的总体费用、构成项目的子项目费用进行估计，这些估计的结果给予低层的管理人员，在此基础上他们对组成项目或子项目的任务和子任务的费用进行估计。然后向下一级传递，直到最底层。
这种预算方法的是，当上层的管理人员根据他们的经验进行的费用估计分解到下层时，可能会出现下层人员认为上层的估计不足以完成相应任务的情况。这时，下层人员不一定会表达出自己的真实观点，不一定会和上层管理人员进行理智地讨论，从而得出更为合理的预算分配方案。在实际中，他们往往只能沉默地等待上层管理者自行发现问题并予以纠正，这样往往会给项目带来诸多问题，有时甚至导致项目失败。
人们通常认为，项目预算的过程是一个零和博弈，一方的获得意味着另一方的损失。其间充斥着权利的争夺和激烈的竞争。
自上而下方法的优点主要是总体预算往往比较准确。其次，由于在预算过程中，总是将既定的预算在一系列工作任务间分配，避免了某些任务获得了过多的预算而某些重要任务又被忽视的情况。
（2）自下而上的项目预算
自下而上方法要求运用WBS对项目的所有工作任务的时间和预算进行仔细考察。最初，预算是针对资源（团队成员的工作时间和原材料）进行的，然后才转化为所需要的经费。所有工作任务估算的总体汇总就形成了项目总体费用的直接估计。项目经理在此之上再加上适当的间接费用（如管理费用、不可预见费等）以及项目要达到的利润目标就形成了项目的总预算。
自下而上的预算方法要求全面考虑所有涉及到的工作任务。和自上而下预算方法一样，自下而上预算方法也要求项目有一个详尽的WBS。自下而上预算方法也涉及到一定的博弈形势。例如，当基层估算人员认为上层管理人员会以一定比例削减预算时，他们就会过高估计自己的资源需求。这样又会使得高层管理人员认为下层的估算含有水分，需要加以削减，从而陷入一个怪圈。
自下而上预算的优点是，基层人员更为清楚具体活动所需的资源量。而且由于预算出自于基层人员之手，可以避免引起引起争执和不满。
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