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[i]一审法院审理认为：
双方签订的《中外合资BOPP工程施工合同》及相关协议，系当事人在平等自愿基础上订立，除垫资400万元条款违反建设部、国家计委、财政部《关于严禁带资承包工程和垫资施工的通知》的规定，应认定无效，其他内容不违反法律，应认定有效。协议、协议书、补充协议等相关协议，是对原合同的补充、延续和部分变更。该工程延误的主要原因是金菱里克公司未能如期交付图纸和未做好施工前准备、迟延支付工程进度款，对此，金菱里克公司应承担违约的民事责任。依据双方签订《中外合资BOPP工程施工合同》第31条及第三份协议的约定，金菱里克公司还应承担八局三公司增加的经济开支和从应支付三日起计算的应付工程款利息，支付违约金及赔偿因其违约给八局三公司造成的窝工损失。八局三公司要求金菱里克公司支付工程款、违约金及窝工损失的请求，应予支持。金菱里克公司反诉依据《中外合资BOPP工程施工合同》的约定，扣罚八局三公司施工质量未达优良的罚金请求，应予支持。金菱里克公司要求八局三公司支付施工过程中使用的水电费、电话费的请求应当予以支持。因违约责任主要在金菱里克公司，因此，该公司要求八局三公司支付延误工期的违约金、窝工损失及设备折旧损失的主张不予支持。该公司要求扣除八局三公司的质保金、审计费、劳保资金、代交税费等主张无法律依据，不予支持。据此判决：
（1）金菱里克公司给付八局三公司拖欠的工程款人民币5299073.76元及前期违约金639600元(自1996年12月迟延给付开始至1997年12月30日第三份协议签订止，按日万分之四计算)以及后期违约金，每日按1000元(自1998年3月8日至款偿付完毕止)；
（2）金菱里克公司赔偿因其违约给八局三公司造成的窝工损失人民币257400元；
（3）八局三公司给付金菱里克公司水电费及电话费125701.12元；
（4）八局三公司给付金菱里克公司因工程质量未达合同约定优良罚金173990.74元；
（5）驳回本诉原告和反诉被告其他诉讼请求。
案件受理费50443元，由八局三公司承担10443元，金菱里克公司承担4万元；财产保全费40520元，由金菱里克公司承担；鉴定费6.8万元，由双方各承担3.4万元；反诉受理费64160元，由金菱里克公司负担6万元，由八局三公司承担4160元。
金菱里克公司不服一审判决，向最高法院提起上诉。二审期间，在最高法院主持下，双方当事人本着平等协商、互谅互让的原则，达成如下调解协议：
（1）金菱里克公司再支付450万元工程款给八局三公司。其中370万元，金菱里克公司于本调解书生效后十个工作日内一次性支付给八局三公司，剩余80万元作为质量保证金予以暂扣；
（2）金菱里克公司支付370万元后十个工作日内，八局三公司将工程竣工图2份、工程合格证原件1份交付金菱里克公司，并为金菱里克公司开具付款发票；
（3）金菱里克公司支付370万元后三个月内，八局三公司对工程质量进行维修，并保证在此期限内完成，由合肥市高新技术开发区工程质量监督站进行维修评验；
（4）金菱里克公司在合肥市高新技术开发区工程质量监督站确认工程质量维修合格后十个工作日内将质量保证金80万元一次性支付给八局三公司。
（5）一审案件本诉受理费50443元、财产保全费40520元，计90963元由八局三公司承担；鉴定费6.8万元，由双方各半承担；一审案件反诉受理费64160元、二审案件受理费50443元，计114603元，由金菱里克公司承担。
最高法院于二○○○年四月十三日审查认为，以上调解协议是双方当事人真实意思表示，符合有关法律规定，予以确认。
【评析】
[ii]本案最终以承包商八局三公司妥协，在一审判决的基础上少索取150万元左右工程款的代价达成和解协议。如果再加上诉讼费用12.5万元以及聘请律师的费用，承包商的代价在180万元以上。如果双方当事人在1997年8月8日合肥市定额站确定的1726万元的基础上认真协商，承包商可能用不着付出这样高的代价。
[iii]几乎所有的建筑工程的专业人士和律师都认为，采用诉讼的方法解决当事人的纠纷不是一个好的选择。诉讼需要大量的诉讼费用和律师费用，而且常常旷日持久，更重要的是有很多不确定的因素影响诉讼结果，即便获胜也往往损失惨重。因此，最好的解决纠纷的方式就是当事人之间能够达成协议。这需要完善的合同条款。一般认为，好的合同条款应当能够对纠纷有所预见，并设立解决纠纷的程序。建筑合同工期长，在履约过程中对双方当事人有比较复杂的要求，幻想不发生纠纷是不现实的。FIDIC88合同条款中由工程师对双方当事人的争议进行准仲裁，这样可以有效地避免双方争议影响工程进展。如果当事人对工程师的决定不满意可以提交仲裁。FIDIC99则设立争端裁决委员会解决工程施工过程中发生的纠纷，对争端裁决委员会的裁决不服可以进一步申请仲裁。这一争端解决机制值得我国借鉴。目前我国建筑工程合同中最严重的问题是合同中的价格条款规定不合理。在合同中明确约定工程款的确定方法并约定最终确定工程款的第三方当事人肯定能对解决目前存在的大量工程款纠纷有所帮助。
本案当事人在1996年6月28日签订的合同中约定了工程款结算方式。一审判决委托鉴定人对工程款进行了鉴定，但没有说明合同约定的结算方式为什么不能作为最终确定工程款的依据。
[iv]本案诉争合同是承包商垫资400万元进行施工的合同。本案一审判决表明：对于垫资合同，法院只能认定垫资条款无效，而一般不能认定整个建筑工程合同无效。对于无效合同条款，一般的处理原则时返还。但对于建筑工程中的垫资条款如何处理才更合理是值得分析的。如果返还本金不计利息，显然业主取得了不正当的好处；如果返还本金计取利息，则承包商取得了不正当的好处，因为承包商以垫资承包为条件取得了工程承包权。对于垫资承包工程的案件比较合理的解决办法就是判决返还本金计取利息，然后再向有关计划管理部门、建设管理部门和财政部门发出司法建议。
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