对于工程垫资的性质，最高院在《关于审理建设工程施工合同纷纷案件适用法律问题的解释》的正文中没有涉及，其《建设工程施工合同司法解释的理解与适用》一书仅从反面进行了排除性的陈述：一是垫资合同不是单纯的借贷合同。就目的而言，承发包双方的合意是完成某一特定的工程，属于建设工程合同范畴，将其简单地理解为借贷合同未免牵强。二是垫资合同不是买卖合同。建设单位所拥有的土地使用权和建设项目所有权系自始拥有，而不是在施工单位完成一部分建筑工程、建设单位按约支付款项后才拥有相应的所有权。三是垫资也不能被狭义地认为就是行业不正当竞争的手段。能否垫资施工也是承包人承揽工程实力的体现，承包方资金及技术等施工实力的加强，更有利于工程的施工建设，而不会成为建设施工的不利因素。
工程垫资是当事人自愿实施的行为。我国的工程垫资，严格地说是一种舶来品，是市场经济体制下的建筑施工活动主体的一种自发的借鉴工程垫资国际惯例的行为。其实，若无工程垫资的国际惯例可资借鉴，在我国建设工程领域走向市场经济的情况下，工程垫资也会是必然的趋势，这既是由于建筑活动本身能够采用工程垫资的方式进行这一性质决定的；也是由于市场的优胜劣汰的竞争现实使然。工程垫资实际上是承发包双方根据市场的“双向选择”原则，在承认现实的基础上，确定合作对象的一种方式，是双方的合意行为。
所垫资金系用于工程施工合同所指向的工程建设。如果承包商垫付的资金不是用于工程建设本身，而是由发包人用于其他用途，其性质就不是工程垫资，而是变成了企业之间的借贷关系。如，在某建设工程施工合同的履行过程中，承包商向发包商借出一笔款项，用于发包商与另一开发商之间的房地产合作开发项目。虽然该笔款项亦是在工程施工过程中划出，但并非用于工程建设本身，因此就不是工程垫资。从此意义上讲，工程垫资并非一种独立的民事法律关系或行为，而是一种从属的民事行为。
工程垫资是一种业务承揽的手段。虽然大部分承包商对于工程垫资有些无奈，但对于部分承包商而言却是承揽工程、展示实力、在合同洽谈中加重自身法码的一个有力的武器。实力雄厚的建筑企业，为了在竞争中击败对手，往往不惜采用各种手段，垫资施工即是其方式之一。中小建筑企业为了生存，亦不惜以贷款垫资为代价参与竞争。另外，目前我国已经将国门打开，进入中国建筑市场的外国建筑企业无一不是垫资施工的能手，如果国内建筑企业不将垫资施工作为搞活经营的手段，则势必很难与外国建筑企业竞争。工程垫资是履行合同的一种方式。建设工程施工合同就其内容来讲，属于一种特殊的承揽合同。与承揽合同是承揽人按照定作人的要求完成工作、交付工作成果相对应，建设工程施工合同中承包人履行合同的过程，就是将劳动和建筑材料物化于建筑产品，承包人向发包人交付合格的建设工程的过程。工程建设包含人工、材料等在内的投入可由发包人预支，也可由承包人垫付。因此，工程垫资属于是完成工程建设这一履约义务的实现方式之一。
工程垫资不必然地导致工程款的拖欠。垫资施工在国外早已成为惯例，并未因此而出现严重的工程款拖欠问题。国内许多民营企业近年来垫资施工的比例亦有增高的趋势，有的企业甚至达到了100％的垫资。可好多企业除了一些正常的债务纠纷之外，垫资问题并未给其正常经营带来难堪。可见垫资施工本身并非造成工程款严重拖欠、甚至企业经营困难的实质性原因，造成工程款拖欠的根本原因除却建设单位的因素外，更重要的还在于施工企业的制度建设和制度运行。工程垫资是法律、行政法规未予禁止的行为。将垫资施工列入禁止行为，主要系依据2006年四部委出于防止企业间非法借贷和减轻施工企业负担等目的联合发布的《关于严禁政府投资项目使用带资方式进行建设的通知》。但该通知从法律层次上讲，只能算是部颁规章，不能据以对民事合同的效力作出否定。除却《通知》之外，并无法律、行政法规对施工垫资行为作出禁止性规定，因此可以断言，工程垫资是法律、行政法规未予禁止的行为。
最高院的司法解释对工程垫资作出按有效处理的确认，系基于对法律的解释功能，按照法律的规定还工程垫资性质以本来的面目。工程垫资就其性质来讲，并未与建设工程施工合同的订立与履行目的相悖，也并不必然地产生或加重工程款拖欠这一法律后果；况且，原先的法律、行政法规并未对工程垫资作出禁止性规定，因此工程垫资本身并非当然的无效行为。
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